Una concentrazione di ammoniaca uguale o superiore a 0.5 mg/l causa intossicazione fino alla morte dei pesci. L’azoto prodotto dall’acquario in minima parte viene consumato dalle piante come nutriente, mentre la maggior parte si ossida in nitriti (NO2) e quindi in nitrati (NO3), consumando l’ossigeno. I nitriti sono velenosi per i pesci ornamentali anche a quantità minime (0.5 mg/l).

I nitrati, invece, vengono in parte assorbiti dalle piante, ma concentrazioni superiori a 20 mg/l favoriscono la crescita delle alghe, e sopra i 50 mg/l diventano nocive per i pesci.